顔は鼻筋が通り、耳の毛は短い。全身の毛はそれほど長くない。尾は細長いものと極端に短いものがあるが、細長くても先だけが折れ曲がっているものもある。尾の短いものは尾骨が複雑に折れ曲がっていることが多いが、毛に覆われているために、外見上は単純な切り株状に見える。短尾のネコは、世界的には比較的珍しく、日本猫の特徴の1つとなっている。一説に、尾は東へ行くほど細長く、関西では短く、西へ行くと折れ曲がっているらしい。一説には二股に尾が分かれた妖怪猫又の誕生を忌み、尾の短い猫が好まれたため、尾の長い猫が減ったといわれる。
毛並みの美しさには定評があるが、またその色分けも外国人から珍しがられている。白・黒の一色、濃淡帯状の縞模様、白地に黒ぶちや茶ぶち、そして三毛猫と呼ばれる白・茶・黒の三色に色分けされているものなどがいる。縞模様のネコはトラネコと呼ばれ、茶縞のものをチャトラ、こげ茶縞のものをキジトラ、灰色縞のものをサバトラと特に分けて呼ぶ場合もある。
毛の色は遺伝的要素や母体内での影響などが考えられているが、隔世遺伝なども起こるためか、必ずしも両親と同じ色が生まれるわけではない。伴性遺伝の関係で、白い面積の多いネコはメスが多く白以外の色のネコはオスが多い。また三毛猫はほぼ全てがメスである。
